Cette troisième saison marque l’arrivé de Faith la troisième Tueuse qui vers la fin de la saison, va rejoindre les forces du mal et s’allier au Maire afin qu’il accomplisse son ascension. Les relations entre les personnages sont tendues pendant cette saison : Angel est revenu de l’Enfer et Buffy à garder ce secret. Quand Alex le découvre cela débouche sur une légère dispute. Giles trahi Buffy mais il se réconcilie quand même mais il a trahi le conseil et Travers le vire et nomme un nouvel observateur pour Buffy et Faith, Alex et Willow s’embrassent sous l’œil de Cordélia et Oz ce qui a pour conséquence la séparation d’Alex et de Cordélia qui quitte la ville en fin de saison. Avec le temps Oz a pardonné à Willow et Angel quitte la ville car il sent que Buffy et lui ne peuvent rester ensemble. Anya marque son arrivé elle aussi, et elle est attirée par Alex.
En fin de saison le Maire commence son ascension mais avec l’aide des lycéens et du Scooby, Buffy réussit à le vaincre, le lycée de Sunnydale finit exploser.